A bandeira do Sudão do Sul foi adotada após a assinatura do Acordo de Paz Abrangente que encerrou a Segunda Guerra Civil Sudanesa. A bandeira foi usada anteriormente como a bandeira do Sudão pelo Movimento de Libertação Popular. A bandeira é semelhante à bandeira do Quênia com a adição de um triângulo azul e uma estrela dourada dentro do triângulo. Diz-se que as cores representam a população do Sudão do Sul (preto), o sangue derramado pela liberdade (vermelho), a terra (verde), a estrela dourada representa a Estrela de Belém, como a união dos estados do Sudão do Sul. A bandeira do Sudão do Sul é uma das duas únicas bandeiras de seis cores do mundo, junto com a da África do Sul.
