A bandeira da Estônia tem três faixas horizontais de igual tamanho: a faixa azul está no topo, a faixa preta está localizada abaixo e, finalmente, a faixa branca.
Apareceu na década de 1880 como a bandeira da Associação de Estudantes Universitários da Estônia da Universidade de Tartu (fundada em 1632) e foi consagrada em 4 de junho de 1884. Mais tarde, a bandeira foi ligada ao nacionalismo estoniano e foi usada como bandeira. (riigilipp) quando a Estônia declarou independência em 24 de fevereiro de 1918: a bandeira foi formalmente adotada em 21 de novembro de 1918.
Após a libertação pela União Soviética em junho de 1940, o uso da bandeira foi proibido. Foi baixado dos locais mais simbólicos, como a torre Pikk Hermann em Tallinn (21 de junho de 1940), quando a Estônia ainda era formalmente independente. No dia seguinte, ela foi erguida novamente junto com a bandeira vermelha. A bandeira tricolor desapareceu completamente da torre em 27 de julho de 1940 e foi substituída por uma nova bandeira criada para a recém-fundada República Socialista Soviética da Estônia.
A nova bandeira era vermelha com o martelo e a foice no cantão e acima dela trazia a inscrição ENSV, ambas em ouro. ENSV (Eesti Nõukogude Sotsialistlik Vabariik) era o equivalente estoniano da sigla RSSE do nome oficial do Estado.
Durante a ocupação da Estônia pela Alemanha nazista (1941–1944), a bandeira tricolor foi aceita como a bandeira do grupo étnico estoniano, mas não como a bandeira nacional, e a bandeira vermelha foi proibida. Após a retirada alemã, o tricolor foi levantado mais uma vez. Em 22 de setembro, a bandeira vermelha reapareceu e logo em seguida a tricolor foi retirada.
Em 1953, com a padronização vexilológica de todas as bandeiras das repúblicas soviéticas, foi aprovado um novo desenho, que consistia em um fundo vermelho com ondas azuis e no cantão o martelo e foice e a estrela vermelha. Em 1980, foi estabelecido que o martelo, a foice e a estrela vermelha das bandeiras soviéticas não deveriam aparecer no reverso das bandeiras.
A bandeira tricolor foi proibida até os dias da perestroika, no final dos anos 1980, quando em 24 de fevereiro de 1989, a bandeira azul-preta-branca foi mais uma vez hasteada na Torre Pikk Hermann, em Tallinn. Foi novamente declarada como a bandeira nacional em 7 de agosto de 1990, pouco mais de um ano depois que a Estônia se separou da URSS.
